旧金山49人成立于1946年，?78年前?（1946）
所在地：加利福尼亚州圣克拉拉（李维斯体育场）
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全美橄榄球联盟（1946年—1949年）
Western Division (1946–1948)
AAFC Conference (1949)
全国橄榄球联盟（1950年至今）
National Conference (1950–1952)
Western Division (1953–66)
Coastal Division (1967–69)
全国橄榄球联合会（1970年至今）
国联西区（1970年至今）
现在球衣
合并之初，49人队的成绩并不算突出，这31个球季之间，仅4度有季后赛的纪录而已；在1957年球季拿下第一名，但在国联分区季后赛中不敌底特律雄狮，因而无缘队史第一座的联会冠军，除此之外大多的时间都在后段班，没有太多的机会冲击到季后赛；大联盟合并后，在1970年—1972年间，49人队完成了队史首次的分区3连冠，但是在季后赛却总是过不了达拉斯牛仔这关，连续3年在季后赛都输给牛仔队；此后，49人实力开始下滑，加上同组的洛杉矶公羊开始它们的盛世，在1973年—1979年这段期间完成分区7连冠，让49人更加难以靠近季后赛的大门。
长达22年的球季时间，49人队可说是常胜军的代名词，由蒙塔纳、杰里·赖斯、扬三位名人堂球星领衔的49人队，横跨3个不同的年代(80年代、90年代和千禧年初期)，有18个球季打晋级到季后赛，更在1981年、1984年、1988年、1989年级1994年这5个球季拿下最后的超级碗冠军，但在史蒂夫．杨由于脑震荡提早宣布退役，加上90年代中、后期绿湾包装工的崛起，95、96、97年连续3年在季后赛败在绿湾包装工手上，让49人队在90年代末期及千禧年初期不像在80年代如此呼风唤雨，但即使如此，也没有人敢小看这支经验老到的球队。
2003年~2010年连续8个球季49人队都未进入季后赛，2011年他们请来了史丹佛大学的主教练吉姆·哈博担任新任主教练，他把球队拉回正确的轨道，让49人在2011年赛季再次重返了国联决赛，可惜败给了由小曼宁所带领的纽约巨人队；2012赛季，原本先发四分卫史密斯受伤后，由凯珀尼克替补上场，他靠者灵活的脚步移动和速度飞快的自行冲刺，令人大为惊艳，成功地带领49人进入季后赛，并且在后来史密斯康复后，也持续先发，加上联盟最为顶级的防守他们再次杀入国联决赛，并且击败亚特兰大猎鹰，杀入超级碗，但以31-34败于巴尔的摩乌鸦，也使得49人队中止了超级碗5连胜的傲人纪录；2013赛季，49人队依然拿下12胜的佳绩，但同组的西雅图海鹰在该季更拿下13胜，取得分组第1，也使得49人队只得以第5种子一路从外卡出发，并再度杀到了国联决赛，但由于最后一次的传球被海鹰队的谢尔曼Richard Sherman拍掉而告终，结束13年赛季；2014年赛季，是49人队最惨的赛季之一，在赛季前半段，进攻组几乎除了四分卫以外全部受伤过，整条进攻锋线更是全部为替补，中锋还一度由左护锋来作替代，最后也仅以8胜结束球季，无缘季后赛；2015年休赛季期间，更是全联盟人员流失最为严重的队伍，没有之一。明星线卫威利斯宣布退役、老将跑卫戈尔离队、而外接手魁布奇去了奥克兰突击者、全明星护锋麦克．尤菩提Mike Iupati也远走亚特兰大猎鹰、全明星防守截锋史密斯也退休了，这使得49人队最终以5胜结束2015年赛季；2016年赛季，整个赛季气氛低迷不说，又在季前热身赛对绿湾包装工时发生了四分卫凯珀尼克的“国歌风波”事件，让49人队整季都处于一种动荡不安的局势中，最后也仅完成对洛杉矶公羊队的主客场双杀，拿下仅有的2胜，以2胜14负结束球季；2017年休赛期期间四分卫凯珀尼克离开，但也在这期间找来上季担任亚特兰大猎鹰队进攻组教练的Kyle Shanahan担任新球季的主帅，期盼能将帮助亚特兰大猎鹰队打进超级碗的经验能够帮助49人队，完成重建的工作，重返荣耀。
2017年赛季，49人队开局相当不顺，尤其四分卫的表现更是惨担，导致前11场比赛就输掉10场，而49人队也在第10场打完也作了交易决定，向爱国者队换来替补四分卫Jimmy Garoppolo，当首发四分卫及原来替补四分卫分别因伤及交易没人时，Jimmy Garoppolo顶替上场却打出精彩的表现，带领49人队以5连胜结束球季，也让49人队先以特权标签挽留，最终也达成协议签定5年1.375亿美元合同，完成了重建的第一步。
2019年赛季，靠着防守组的好表现（国联失分最低，联盟第6），49人相隔6年后再次重返季后赛，并且打入超级碗，但以20-31不敌堪萨斯城酋长。
赛季
胜
负
平
常规赛季
季后赛
旧金山四九人（AAFC）
1946
9
5
0
AAFC西区第二
--
1947
8
4
2
AAFC西区第二
--
1948
12
2
0
AAFC西区第二
--
1949
9
3
0
AAFC联盟第二
分区季后赛以17-7击败Brooklyn Yankees
AAFC冠军赛以7-21败给克利夫兰布朗
合并到NFL之后
1950
3
9
0
NFL国联第六
--
1951
7
4
1
NFL国联第二（并列）
--
1952
7
5
0
NFL国联第三
--
1953
9
3
0
NFL西区第二
--
1954
7
4
1
NFL西区第三
--
1955
4
8
0
NFL西区第五
--
1956
5
6
1
NFL西区第三
--
1957
8
4
0
NFL西区第一（并列）
分区季后赛以27-31败给底特律雄狮
1958
6
6
0
NFL西区第四
--
1959
7
5
0
NFL西区第三（并列）
--
1960
7
5
0
NFL西区第二（并列）
--
1961
7
6
1
NFL西区第五
--
1962
6
8
0
NFL西区第五
--
1963
2
12
0
NFL西区第七
--
1964
4
10
0
NFL西区第七
--
1965
7
6
1
NFL西区第四
--
超级碗时代
1966
6
6
2
NFL西区第四
--
1967
7
7
0
NFL海岸区第三
--
1968
7
6
1
NFL海岸区第三
--
1969
4
8
2
NFL海岸区第四
--
大联盟合并
1970
10
3
1
国联西区第一
分区季后赛以17-14击败明尼苏达维京人
国联冠军赛以10-17败给达拉斯牛仔
1971
9
5
0
国联西区第一
分区季后赛以24-20击败华盛顿红皮
国联冠军赛以3-14败给达拉斯牛仔
1972
8
5
1
国联西区第一
分区季后赛以28-30败给达拉斯牛仔
1973
5
9
0
国联西区第三
--
1974
6
8
0
国联西区第二
--
1975
5
9
0
国联西区第二
--
1976
8
6
0
国联西区第二
--
1977
5
9
0
国联西区第三
--
1978
2
14
0
国联西区第四
--
1979
2
14
0
国联西区第四
--
1980
6
10
0
国联西区第三
--
1981
13
3
0
国联西区第一
分区季后赛以38-24击败纽约巨人
国联冠军赛以28-27击败达拉斯牛仔
赢得第十六届超级碗（以26-21击败辛辛那提孟加拉虎）
1982
3
6
0
国联第十一+
--
1983
10
6
0
国联西区第一
分区季后赛以24-23击败底特律雄狮
国联冠军赛以21-24败给华盛顿红皮
1984
15
1
0
国联西区第一
分区季后赛以21-10击败纽约巨人
国联冠军赛以23-0击败芝加哥熊
赢得第十九届超级碗（以38-16击败迈阿密海豚）
1985
10
6
0
国联西区第二
外卡季后赛以3-17败给纽约巨人
1986
10
5
1
国联西区第一
分区季后赛以3-49败给纽约巨人
1987
13
2
0
国联西区第一
分区季后赛以24-36败给明尼苏达维京人
1988
10
6
0
国联西区第一
分区季后赛以34-9击败明尼苏达维京人
国联冠军赛以28-3击败芝加哥熊
赢得第二十三届超级碗（以20-16击败辛辛那提孟加拉虎）
1989
14
2
0
国联西区第一
分区季后赛以41-13击败明尼苏达维京人
国联冠军赛以30-3击败圣路易斯公羊
赢得第二十四届超级碗（以55-10击败丹佛野马）
1990
14
2
0
国联西区第一
分区季后赛以28-10击败华盛顿红皮
国联冠军赛以13-15败给纽约巨人
1991
10
6
0
国联西区第三
--
1992
14
2
0
国联西区第一
分区季后赛以20-13击败华盛顿红皮
国联冠军赛以20-30败给达拉斯牛仔
1993
10
6
0
国联西区第一
分区季后赛以44-3击败纽约巨人
国联冠军赛以21-38败给达拉斯牛仔
1994
13
3
0
国联西区第一
分区季后赛以44-15击败芝加哥熊
国联冠军赛以38-28击败达拉斯牛仔
赢得第二十九届超级碗（以49-26击败圣迭戈闪电）
1995
11
5
0
国联西区第一
分区季后赛以17-27败给绿湾包装工
1996
12
4
0
国联西区第二
外卡季后赛以14-0击败费城老鹰
分区季后赛以14-35败给绿湾包装工
1997
13
3
0
国联西区第一
分区季后赛以38-22击败明尼苏达维京人
国联冠军赛以10-23败给绿湾包装工
1998
12
4
0
国联西区第二
外卡季后赛以30-27击败绿湾包装工
分区季后赛以18-20败给亚特兰大猎鹰
1999
4
12
0
国联西区第四
--
2000
6
10
0
国联西区第四
--
2001
12
4
0
国联西区第二
外卡季后赛以15-25败给绿湾包装工
2002
10
6
0
国联西区第一
外卡季后赛以39-38击败纽约巨人
分区季后赛以6-31败给坦帕湾海盗
2003
7
9
0
国联西区第三
--
2004
2
14
0
国联西区第四
--
2005
4
12
0
国联西区第四
--
2006
7
9
0
国联西区第三
--
2007
5
11
0
国联西区第三
--
2008
7
9
0
国联西区第二
--
2009
8
8
0
国联西区第二
--
2010
6
10
0
国联西区第三
--
2011
13
3
0
国联西区第一
分区季后赛以36-32击败新奥尔良圣徒
国联冠军赛以17-20败给纽约巨人（1次加时）
2012
11
4
1
国联西区第一
分区季后赛以45-31击败绿湾包装工
国联冠军赛以28-24击败亚特兰大猎鹰
第四十七届超级碗以31-34败给巴尔的摩乌鸦
2013
12
4
0
国联西区第二
外卡季后赛以23-20击败绿湾包装工
分区季后赛以23-10击败卡罗来纳黑豹
国联冠军赛以17-23败给西雅图海鹰
2014
8
8
0
国联西区第三
--
2015
5
11
0
国联西区第四
--
2016
2
14
0
国联西区第四
--
2017
6
10
0
国联西区第四
--
2018
4
12
0
国联西区第三
--
2019
13
3
0
国联西区第一
分区季后赛以27-10击败明尼苏达维京人
国联冠军赛以37-20击败绿湾包装工
第五十四届超级碗以20-31败给堪萨斯城酋长
2020
6
10
0
国联西区第四
--
2021
10
7
0
国联西区第三
外卡季后赛以23-17击败达拉斯牛仔
分区季后赛以13-10击败绿湾包装工
国联冠军赛以17-20败给洛杉矶公羊
2022
13
4
0
国联西区第一
已晋级外卡季后赛
总计
602
510
16
（NFL常规赛）
35
23
0
（NFL季后赛）
647
533
16
（所有比赛）
+：因为球员罢工的关系，使球季缩短，在同分区的所有球队以名次作出季后赛资格。
Lawrence (Buck) Shaw：1946年 - 1949年 （AAFC总战绩37胜15负2和；常规赛36胜14负2和，季后赛1胜1负）◎
Lawrence (Buck) Shaw：1950年 - 1954年 （33胜25负2和）
Norman (Red) Strader：1955年 （4胜8负）
Frankie Albert：1956年 - 1958年 （总战绩19胜17负1和；常规赛19胜16负1和，季后赛0胜1负）
Howard (Red) Hickey：1959年 - 1963年 （27胜27负1和）◎◎
Jack Christiansen：1963年 - 1967年 （26胜38负3和）
Dick Nolan：1968年 - 1975年 （总战绩56胜56负5和；常规赛54胜53负5和，季后赛2胜3负）
Monte Clark：1976年 （8胜6负）
Ken Meyer：1977年 （5胜9负）
Pete McCulley：1978年 （1胜8负）◎◎◎
Fred O.Connor：1978年 （1胜6负）
Bill Walsh：1979年 - 1988年 （总战绩102胜63负1和；常规赛92胜59负1和，季后赛10胜4负，三次超级碗冠军）
George Seifert：1989年 - 1996年 （总战绩108胜35负；常规赛98胜30负，季后赛10胜5负，二次超级碗冠军）
Steve Mariucci：1997年 - 2002年 （总战绩60胜43负；常规赛57胜39负，季后赛3胜4负）
Dennis Erickson：2003年 - 2004年 （9胜23负）
Mike Nolan：2005年 - 2008年 （18胜37负）◎◎◎◎
迈克·辛格尔塔里：2008年 - 2010年 （19胜22负）※
Jim Tomsula：2010年，2015年 （6胜11负）
吉姆·哈博：2011年 - 2014年 （总战绩49胜22负1和；常规赛44胜19负1和，季后赛5胜3负）
Chip Kelly：2016年 （2胜14负）
凯尔·沙纳汉：2017年至今（目前总战绩56胜48负；常规赛52胜46负，季后赛4胜2负）
◎：因AAFC联盟并未提供相关数据及记录给NFL联盟，故1946~1949年赛季的执教成绩不列入计算（常规赛及季后赛皆是）。
◎◎：第五任教练Howard (Red) Hickey在1963年赛季前3场输球后遭球团解除总教练一职，由Jack Christiansen直接接任总教练一职。
◎◎◎：第十任教练Bob Waterfield在1962年赛季前9场战绩仅1胜8负后遭球团解除总教练一职，由助理教练Fred O’Connor代理并带至1978年球季结束。
◎◎◎◎：第十五任教练Mike Nolan在2008年赛季前7场战绩仅2胜5负后遭球团解除总教练一职，由迈克·辛格尔塔里直接接任总教练一职。
※：第十六任教练迈克·辛格尔塔里在2010年赛季15场打完后个人因素及球团考量辞去总教练一职，由助理教练Jim Tomsula代理并带至2010年球季结束。
8 Steve Young （QB）（1987年-1999年）
12 John Brodie （QB）（1957年-1973年）
16 Joe Montana （QB）（1979年-1992年）
34 Joe Perry （FB）（1948年-1960年，1963年）
37 Jimmy Johnson （DB，HB）（1961年-1976年）
39 Hugh McElhenny （HB）（1952年-1960年）
42 Ronnie Lott （DB）（1981年-1990年）
70 Charlie Krueger （DT，DE）（1959年-1973年）
73 Leo Nomellini （DT，T）（1950年-1963年）
79 Bob St.Clair （T）（1953年-1963年）
80 Jerry Rice （WR）（1985年-2000年）
87 Dwight Clark （WR）（1979年-1987年）
在路易斯安那超级圆顶体育场举行的第四十七届超级碗前，49人队在超级碗史上从未输过，5战全胜，同时也是超级碗5连胜的佳绩，这在当时仍是NFL的纪录；但是在输给了巴尔的摩乌鸦后，这项傲人的纪录也随之宣告结束。
2016年8月16日，黑人牧师遭到警察枪杀，再次引发美国社会舆论，而四分卫科林·凯珀尼克在2016年8月29日季前热身赛对绿湾包装工赛前演奏国歌时，拒绝在唱国歌时起立，抗议种族不平等，遭观众嘘爆，球迷群起愤慨、烧毁他球衣泄愤，事件持续延烧，引发关注；而此“国歌风波”也包括篮球员和其他足球员也都纷纷响应种族抗议活动，在当时也成为全美最受关注的大事件。时任美国总统奥巴马也非常关心此事，“长久以来一直都有不少运动名人都这么做。我相信他非常在乎这迫切需要讨论的问题，他们的行动让这些议题有更多讨论机会。”，不过此事却也引起不少争议，也使得卡普尼克在上场比赛时观众直接报以嘘声；在2016年赛季结束成自由球员后，也因这件事情，至今仍乏人问津，没有任何出赛纪录。
黑人牧师遭警射杀无辜冤死 NBA球星韦德、朗多吁正视问题 （页面存档备份，存于互联网档案馆）
别叫我美国人！ NFL球员拒唱国歌抗议种族歧视 （页面存档备份，存于互联网档案馆）
NFL球员抗议国歌事件延烧 黑人呼吁白人加入行列 （页面存档备份，存于互联网档案馆）
^ 49ers unveil first alternate uniform in team history. NFL.com (NFL Enterprises, LLC). May 1, 2015 [May 17, 2021]. （原始内容存档于May 17, 2021）. The San Francisco 49ers unveiled their first alternate uniform in franchise history on Thursday night, a black-and-red combination that will supplement their classic red, gold and white look.?
^ Table of Contents (PDF). 2022 San Francisco 49ers Media Guide (PDF). NFL Enterprises, LLC. May 4, 2022 [March 23, 2023]. （原始内容存档 (PDF)于2023-03-23）.?
^ San Francisco 49ers Team Capsule (PDF). 2021 Official National Football League Record and Fact Book (PDF). NFL Enterprises, LLC. August 11, 2021 [September 16, 2021]. （原始内容存档 (PDF)于October 8, 2021）.?
合并之初，49人队的成绩并不算突出，这31个球季之间，仅4度有季后赛的纪录而已；在1957年球季拿下第一名，但在国联分区季后赛中不敌底特律雄狮，因而无缘队史第一座的联会冠军，除此之外大多的时间都在后段班，没有太多的机会冲击到季后赛；大联盟合并后，在1970年—1972年间，49人队完成了队史首次的分区3连冠，但是在季后赛却总是过不了达拉斯牛仔这关，连续3年在季后赛都输给牛仔队；此后，49人实力开始下滑，加上同组的洛杉矶公羊开始它们的盛世，在1973年—1979年这段期间完成分区7连冠，让49人更加难以靠近季后赛的大门。
长达22年的球季时间，49人队可说是常胜军的代名词，由蒙塔纳、杰里·赖斯、扬三位名人堂球星领衔的49人队，横跨3个不同的年代(80年代、90年代和千禧年初期)，有18个球季打晋级到季后赛，更在1981年、1984年、1988年、1989年级1994年这5个球季拿下最后的超级碗冠军，但在史蒂夫．杨由于脑震荡提早宣布退役，加上90年代中、后期绿湾包装工的崛起，95、96、97年连续3年在季后赛败在绿湾包装工手上，让49人队在90年代末期及千禧年初期不像在80年代如此呼风唤雨，但即使如此，也没有人敢小看这支经验老到的球队。
2003年~2010年连续8个球季49人队都未进入季后赛，2011年他们请来了史丹佛大学的主教练吉姆·哈博担任新任主教练，他把球队拉回正确的轨道，让49人在2011年赛季再次重返了国联决赛，可惜败给了由小曼宁所带领的纽约巨人队；2012赛季，原本先发四分卫史密斯受伤后，由凯珀尼克替补上场，他靠者灵活的脚步移动和速度飞快的自行冲刺，令人大为惊艳，成功地带领49人进入季后赛，并且在后来史密斯康复后，也持续先发，加上联盟最为顶级的防守他们再次杀入国联决赛，并且击败亚特兰大猎鹰，杀入超级碗，但以31-34败于巴尔的摩乌鸦，也使得49人队中止了超级碗5连胜的傲人纪录；2013赛季，49人队依然拿下12胜的佳绩，但同组的西雅图海鹰在该季更拿下13胜，取得分组第1，也使得49人队只得以第5种子一路从外卡出发，并再度杀到了国联决赛，但由于最后一次的传球被海鹰队的谢尔曼Richard Sherman拍掉而告终，结束13年赛季；2014年赛季，是49人队最惨的赛季之一，在赛季前半段，进攻组几乎除了四分卫以外全部受伤过，整条进攻锋线更是全部为替补，中锋还一度由左护锋来作替代，最后也仅以8胜结束球季，无缘季后赛；2015年休赛季期间，更是全联盟人员流失最为严重的队伍，没有之一。明星线卫威利斯宣布退役、老将跑卫戈尔离队、而外接手魁布奇去了奥克兰突击者、全明星护锋麦克．尤菩提Mike Iupati也远走亚特兰大猎鹰、全明星防守截锋史密斯也退休了，这使得49人队最终以5胜结束2015年赛季；2016年赛季，整个赛季气氛低迷不说，又在季前热身赛对绿湾包装工时发生了四分卫凯珀尼克的“国歌风波”事件，让49人队整季都处于一种动荡不安的局势中，最后也仅完成对洛杉矶公羊队的主客场双杀，拿下仅有的2胜，以2胜14负结束球季；2017年休赛期期间四分卫凯珀尼克离开，但也在这期间找来上季担任亚特兰大猎鹰队进攻组教练的Kyle Shanahan担任新球季的主帅，期盼能将帮助亚特兰大猎鹰队打进超级碗的经验能够帮助49人队，完成重建的工作，重返荣耀。
2017年赛季，49人队开局相当不顺，尤其四分卫的表现更是惨担，导致前11场比赛就输掉10场，而49人队也在第10场打完也作了交易决定，向爱国者队换来替补四分卫Jimmy Garoppolo，当首发四分卫及原来替补四分卫分别因伤及交易没人时，Jimmy Garoppolo顶替上场却打出精彩的表现，带领49人队以5连胜结束球季，也让49人队先以特权标签挽留，最终也达成协议签定5年1.375亿美元合同，完成了重建的第一步。
2019年赛季，靠着防守组的好表现（国联失分最低，联盟第6），49人相隔6年后再次重返季后赛，并且打入超级碗，但以20-31不敌堪萨斯城酋长。
赛季
胜
负
平
常规赛季
季后赛
旧金山四九人（AAFC）
1946
9
5
0
AAFC西区第二
--
1947
8
4
2
AAFC西区第二
--
1948
12
2
0
AAFC西区第二
--
1949
9
3
0
AAFC联盟第二
分区季后赛以17-7击败Brooklyn Yankees
AAFC冠军赛以7-21败给克利夫兰布朗
合并到NFL之后
1950
3
9
0
NFL国联第六
--
1951
7
4
1
NFL国联第二（并列）
--
1952
7
5
0
NFL国联第三
--
1953
9
3
0
NFL西区第二
--
1954
7
4
1
NFL西区第三
--
1955
4
8
0
NFL西区第五
--
1956
5
6
1
NFL西区第三
--
1957
8
4
0
NFL西区第一（并列）
分区季后赛以27-31败给底特律雄狮
1958
6
6
0
NFL西区第四
--
1959
7
5
0
NFL西区第三（并列）
--
1960
7
5
0
NFL西区第二（并列）
--
1961
7
6
1
NFL西区第五
--
1962
6
8
0
NFL西区第五
--
1963
2
12
0
NFL西区第七
--
1964
4
10
0
NFL西区第七
--
1965
7
6
1
NFL西区第四
--
超级碗时代
1966
6
6
2
NFL西区第四
--
1967
7
7
0
NFL海岸区第三
--
1968
7
6
1
NFL海岸区第三
--
1969
4
8
2
NFL海岸区第四
--
大联盟合并
1970
10
3
1
国联西区第一
分区季后赛以17-14击败明尼苏达维京人
国联冠军赛以10-17败给达拉斯牛仔
1971
9
5
0
国联西区第一
分区季后赛以24-20击败华盛顿红皮
国联冠军赛以3-14败给达拉斯牛仔
1972
8
5
1
国联西区第一
分区季后赛以28-30败给达拉斯牛仔
1973
5
9
0
国联西区第三
--
1974
6
8
0
国联西区第二
--
1975
5
9
0
国联西区第二
--
1976
8
6
0
国联西区第二
--
1977
5
9
0
国联西区第三
--
1978
2
14
0
国联西区第四
--
1979
2
14
0
国联西区第四
--
1980
6
10
0
国联西区第三
--
1981
13
3
0
国联西区第一
分区季后赛以38-24击败纽约巨人
国联冠军赛以28-27击败达拉斯牛仔
赢得第十六届超级碗（以26-21击败辛辛那提孟加拉虎）
1982
3
6
0
国联第十一+
--
1983
10
6
0
国联西区第一
分区季后赛以24-23击败底特律雄狮
国联冠军赛以21-24败给华盛顿红皮
1984
15
1
0
国联西区第一
分区季后赛以21-10击败纽约巨人
国联冠军赛以23-0击败芝加哥熊
赢得第十九届超级碗（以38-16击败迈阿密海豚）
1985
10
6
0
国联西区第二
外卡季后赛以3-17败给纽约巨人
1986
10
5
1
国联西区第一
分区季后赛以3-49败给纽约巨人
1987
13
2
0
国联西区第一
分区季后赛以24-36败给明尼苏达维京人
1988
10
6
0
国联西区第一
分区季后赛以34-9击败明尼苏达维京人
国联冠军赛以28-3击败芝加哥熊
赢得第二十三届超级碗（以20-16击败辛辛那提孟加拉虎）
1989
14
2
0
国联西区第一
分区季后赛以41-13击败明尼苏达维京人
国联冠军赛以30-3击败圣路易斯公羊
赢得第二十四届超级碗（以55-10击败丹佛野马）
1990
14
2
0
国联西区第一
分区季后赛以28-10击败华盛顿红皮
国联冠军赛以13-15败给纽约巨人
1991
10
6
0
国联西区第三
--
1992
14
2
0
国联西区第一
分区季后赛以20-13击败华盛顿红皮
国联冠军赛以20-30败给达拉斯牛仔
1993
10
6
0
国联西区第一
分区季后赛以44-3击败纽约巨人
国联冠军赛以21-38败给达拉斯牛仔
1994
13
3
0
国联西区第一
分区季后赛以44-15击败芝加哥熊
国联冠军赛以38-28击败达拉斯牛仔
赢得第二十九届超级碗（以49-26击败圣迭戈闪电）
1995
11
5
0
国联西区第一
分区季后赛以17-27败给绿湾包装工
1996
12
4
0
国联西区第二
外卡季后赛以14-0击败费城老鹰
分区季后赛以14-35败给绿湾包装工
1997
13
3
0
国联西区第一
分区季后赛以38-22击败明尼苏达维京人
国联冠军赛以10-23败给绿湾包装工
1998
12
4
0
国联西区第二
外卡季后赛以30-27击败绿湾包装工
分区季后赛以18-20败给亚特兰大猎鹰
1999
4
12
0
国联西区第四
--
2000
6
10
0
国联西区第四
--
2001
12
4
0
国联西区第二
外卡季后赛以15-25败给绿湾包装工
2002
10
6
0
国联西区第一
外卡季后赛以39-38击败纽约巨人
分区季后赛以6-31败给坦帕湾海盗
2003
7
9
0
国联西区第三
--
2004
2
14
0
国联西区第四
--
2005
4
12
0
国联西区第四
--
2006
7
9
0
国联西区第三
--
2007
5
11
0
国联西区第三
--
2008
7
9
0
国联西区第二
--
2009
8
8
0
国联西区第二
--
2010
6
10
0
国联西区第三
--
2011
13
3
0
国联西区第一
分区季后赛以36-32击败新奥尔良圣徒
国联冠军赛以17-20败给纽约巨人（1次加时）
2012
11
4
1
国联西区第一
分区季后赛以45-31击败绿湾包装工
国联冠军赛以28-24击败亚特兰大猎鹰
第四十七届超级碗以31-34败给巴尔的摩乌鸦
2013
12
4
0
国联西区第二
外卡季后赛以23-20击败绿湾包装工
分区季后赛以23-10击败卡罗来纳黑豹
国联冠军赛以17-23败给西雅图海鹰
2014
8
8
0
国联西区第三
--
2015
5
11
0
国联西区第四
--
2016
2
14
0
国联西区第四
--
2017
6
10
0
国联西区第四
--
2018
4
12
0
国联西区第三
--
2019
13
3
0
国联西区第一
分区季后赛以27-10击败明尼苏达维京人
国联冠军赛以37-20击败绿湾包装工
第五十四届超级碗以20-31败给堪萨斯城酋长
2020
6
10
0
国联西区第四
--
2021
10
7
0
国联西区第三
外卡季后赛以23-17击败达拉斯牛仔
分区季后赛以13-10击败绿湾包装工
国联冠军赛以17-20败给洛杉矶公羊
2022
13
4
0
国联西区第一
已晋级外卡季后赛
总计
602
510
16
（NFL常规赛）
35
23
0
（NFL季后赛）
647
533
16
（所有比赛）
+：因为球员罢工的关系，使球季缩短，在同分区的所有球队以名次作出季后赛资格。
Lawrence (Buck) Shaw：1946年 - 1949年 （AAFC总战绩37胜15负2和；常规赛36胜14负2和，季后赛1胜1负）◎
Lawrence (Buck) Shaw：1950年 - 1954年 （33胜25负2和）
Norman (Red) Strader：1955年 （4胜8负）
Frankie Albert：1956年 - 1958年 （总战绩19胜17负1和；常规赛19胜16负1和，季后赛0胜1负）
Howard (Red) Hickey：1959年 - 1963年 （27胜27负1和）◎◎
Jack Christiansen：1963年 - 1967年 （26胜38负3和）
Dick Nolan：1968年 - 1975年 （总战绩56胜56负5和；常规赛54胜53负5和，季后赛2胜3负）
Monte Clark：1976年 （8胜6负）
Ken Meyer：1977年 （5胜9负）
Pete McCulley：1978年 （1胜8负）◎◎◎
Fred O.Connor：1978年 （1胜6负）
Bill Walsh：1979年 - 1988年 （总战绩102胜63负1和；常规赛92胜59负1和，季后赛10胜4负，三次超级碗冠军）
George Seifert：1989年 - 1996年 （总战绩108胜35负；常规赛98胜30负，季后赛10胜5负，二次超级碗冠军）
Steve Mariucci：1997年 - 2002年 （总战绩60胜43负；常规赛57胜39负，季后赛3胜4负）
Dennis Erickson：2003年 - 2004年 （9胜23负）
Mike Nolan：2005年 - 2008年 （18胜37负）◎◎◎◎
迈克·辛格尔塔里：2008年 - 2010年 （19胜22负）※
Jim Tomsula：2010年，2015年 （6胜11负）
吉姆·哈博：2011年 - 2014年 （总战绩49胜22负1和；常规赛44胜19负1和，季后赛5胜3负）
Chip Kelly：2016年 （2胜14负）
凯尔·沙纳汉：2017年至今（目前总战绩56胜48负；常规赛52胜46负，季后赛4胜2负）
◎：因AAFC联盟并未提供相关数据及记录给NFL联盟，故1946~1949年赛季的执教成绩不列入计算（常规赛及季后赛皆是）。
◎◎：第五任教练Howard (Red) Hickey在1963年赛季前3场输球后遭球团解除总教练一职，由Jack Christiansen直接接任总教练一职。
◎◎◎：第十任教练Bob Waterfield在1962年赛季前9场战绩仅1胜8负后遭球团解除总教练一职，由助理教练Fred O’Connor代理并带至1978年球季结束。
◎◎◎◎：第十五任教练Mike Nolan在2008年赛季前7场战绩仅2胜5负后遭球团解除总教练一职，由迈克·辛格尔塔里直接接任总教练一职。
※：第十六任教练迈克·辛格尔塔里在2010年赛季15场打完后个人因素及球团考量辞去总教练一职，由助理教练Jim Tomsula代理并带至2010年球季结束。
8 Steve Young （QB）（1987年-1999年）
12 John Brodie （QB）（1957年-1973年）
16 Joe Montana （QB）（1979年-1992年）
34 Joe Perry （FB）（1948年-1960年，1963年）
37 Jimmy Johnson （DB，HB）（1961年-1976年）
39 Hugh McElhenny （HB）（1952年-1960年）
42 Ronnie Lott （DB）（1981年-1990年）
70 Charlie Krueger （DT，DE）（1959年-1973年）
73 Leo Nomellini （DT，T）（1950年-1963年）
79 Bob St.Clair （T）（1953年-1963年）
80 Jerry Rice （WR）（1985年-2000年）
87 Dwight Clark （WR）（1979年-1987年）
在路易斯安那超级圆顶体育场举行的第四十七届超级碗前，49人队在超级碗史上从未输过，5战全胜，同时也是超级碗5连胜的佳绩，这在当时仍是NFL的纪录；但是在输给了巴尔的摩乌鸦后，这项傲人的纪录也随之宣告结束。
2016年8月16日，黑人牧师遭到警察枪杀，再次引发美国社会舆论，而四分卫科林·凯珀尼克在2016年8月29日季前热身赛对绿湾包装工赛前演奏国歌时，拒绝在唱国歌时起立，抗议种族不平等，遭观众嘘爆，球迷群起愤慨、烧毁他球衣泄愤，事件持续延烧，引发关注；而此“国歌风波”也包括篮球员和其他足球员也都纷纷响应种族抗议活动，在当时也成为全美最受关注的大事件。时任美国总统奥巴马也非常关心此事，“长久以来一直都有不少运动名人都这么做。我相信他非常在乎这迫切需要讨论的问题，他们的行动让这些议题有更多讨论机会。”，不过此事却也引起不少争议，也使得卡普尼克在上场比赛时观众直接报以嘘声；在2016年赛季结束成自由球员后，也因这件事情，至今仍乏人问津，没有任何出赛纪录。
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